然而普鲁士军队的表现却让整个欧洲大吃一惊，曾经在腓特烈大帝时代纵横全欧的普鲁士军队，被认为拥有欧洲最好的军队指挥艺术的普鲁士军官，再一次为拿破仑的不朽功绩添上了一份荣誉。
    11月9日，法军进入萨克森的第二天，在什列茨发生了一次小规模战斗，普鲁士军队损失700人。
    11月11日拉纳元帅带领自己的军队逼进了扎尔费尔特，路易亲王带着9000人驻扎这座城市，经过了一日的激战后，普鲁士军队损失了1500人，连路易亲王本人也被法军用刺刀刺死了。亲王战死之后，这只军队剩下的人员顿时四散逃离了扎尔费尔特城。
    部分从扎尔费尔特逃离的残军逃到了耶拿，被霍恩洛厄亲王率领的普鲁士主力部队所收拢。
    冯.莫伦布尔元帅所带领的一部分普鲁士军队，在收到了路易亲王被击败的消息后，试图撤退到北方的纳乌堡，以避免被法军两只部队合围。
    什列茨、扎尔费尔特两次战斗的失利，及主战派领袖路易亲王的死亡消息传到了柏林之后，原本对于普鲁士军队战胜法军持乐观想法的普鲁士贵族们，瞬间失去了语言。
    这些在过去几个月内，鼓吹要向法军开战，惩罚那个侵犯了德意志民族的科西嘉怪物的普鲁士王国的上层人士们，迅速变得惊恐慌乱不安了起来。
    他们过去对普鲁士军队在战场上的表现有多乐观的猜测，现在就有对这场战争的结局有多么悲观的看法。短短几个小时之内，柏林的舆论已经充满了对这场战争沮丧和失望的言论了。
    王后路易莎拼命的给主战派贵族们打气，她声称这不过是一场歌剧的序幕。什列茨、扎尔费尔特的小小失败，不过是上帝对普鲁士王国的一次考验，而路易亲王的死亡不过是一片乌云暂时遮蔽了普鲁士的阳光。只要当普鲁士和法国的会战真正开始，上帝自然会保佑保卫国家领土的普鲁士一方，而英勇善战的普鲁士士兵们，在保卫国王的神圣口号下，一定能打败那个来自科西嘉的怪物。
    虽然有王后路易莎不停的替众人打气，但是从前方传来的消息却一日坏过一日。
    拿破仑通过综合从各处传来的消息，判断出普鲁士军队正在向魏玛地区收缩，想要把部队集中起来继续向柏林后退，等待英、俄军队做好战争准备。
    拿破仑决定就在魏玛地区，和普鲁士军队展开一次决定性的会战，彻底粉碎普鲁士军队的作战意志，使得英、俄两国在加入反法战争前，就在欧洲大陆上失去一个可靠的盟友。
    11月12日，达武元帅带着第二近卫军向纳乌堡进攻，试图深入普鲁士军队的后方，切断普鲁士军队退回柏林的通道。贝尔纳多特同样接到了拿破仑的命令，要求他的部队在11月15日之前，在纳乌堡和达武元帅会合，贝尔纳多特并没有按时赶到。
    11月13日，拿破仑亲自带领着法军主力部队，和苏尔特、内伊、缪拉三位元帅，把普鲁士军队驱赶向魏玛方向。当日晚间，拿破仑已经出现在了耶拿城。
    根据国王威廉三世的命令，原本驻扎在耶拿附近的霍恩洛厄亲王率领的3.8万人，及吕谢尔将军率领的2.7万人应该向魏玛撤退，向国王率领的部队靠拢，然后普鲁士军队从奥厄施泰特撤回柏林，等待英、俄盟军前来支援。
    但是从耶拿城离开后不久，就收到法军占领了耶拿的消息后。这位从1768年就开始服役的王室将领，马上意识到了法军似乎在策划着什么阴谋，因为法军前进的速度实在太快了。
    就在13日当晚，苦思冥想了几个小时的霍恩洛厄亲王决定不撤退了，他决定就地展开一条防线，阻止法军继续向魏玛地区深入，并派人通知魏玛城内的威廉三世，要求其先带主力撤退到奥厄施泰特。
    此时霍恩洛厄亲王手上还有3.8万人的直属部队，还有吕谢尔将军手下的一个军1.5万人，占据了普鲁士军队三分之一的兵力。
    在14日拂晓时分，拿破仑已经收到了普鲁士军队在撤退途中停留下来的消息。拿破仑错误的把霍恩洛厄亲王停留下来的地点，当做了普鲁士军队撤退中途的集中地。
    他显然以为霍恩洛厄亲王所部正是普鲁士军队的主力所在位置，于是拿破仑决定立刻发动攻击。他在拂晓时检阅了军队，鼓舞法军士兵勇敢战斗，在即将到来的战斗中拿下整个普鲁士，并把这一天的作战计划向全体士兵做了一个大体说明。
    法军的士气在拿破仑的鼓舞下，变得非常的高昂。而拿破仑了为了消灭普鲁士的主力，集结了将近9万人的法军部队。
    这场战斗在拿破仑对自己士兵的演说后的三个小时内爆发了，虽然霍恩洛厄亲王打算在原地修筑一条防线，但是短短几个小时内显然是完不成这种防御工事的。
    而法军的突然袭击，也让普鲁士军队措手不及，从一开始普鲁士军队就陷入了被动挨打的局面。但是让霍恩洛厄亲王等普鲁士军官感到欣慰的是，由于提前决定就地防御，普鲁士军队并非在行军中收到攻击，所以局势虽然难看，但普鲁士军队并没有被法军分割包围。
    但是训练精良的普鲁士士兵并没有在战局中挽回颓势，特别是格鲁希率领的近卫军师团，以占据优势的火力击溃了普鲁士军队右翼的吕谢尔部后，普鲁士军队终于崩溃了。
    普鲁士军队开始四散逃亡，一部分部队逃亡到了魏玛城，但是缪拉的骑兵部队一直追击进了魏玛城内，无视这些士兵的讨饶，进行了一次大屠杀。这次屠杀让普鲁士人认识到了，法国和普鲁士是两个不同的国家。
    在拿破仑发动耶拿会战的同时，奥厄施泰特战役也于10月14日开始。凌晨，普鲁士的冯.布吕歇尔将军率前卫部队抵达奥尔施泰特。
    就在这个时间，位于萨勒河凯森渡口东岸的达武军也开始了渡河，想要夺取对岸的普军阵地，进而向阿波尔达推进，切断整个普鲁士军队撤往东面的退路。
    哈森豪森村是一个大村子，也在奥尔施泰特以东9公里处。公路到了这里分为两条，一条继续向东越过萨勒河通往莱比锡，一条转向东北，通往弗莱堡和哈勒，接着从哈勒通往马格德堡。这里是普鲁士军队退回柏林的必经之路，也是附近地区地势最高的地方。
    14日上午8时，第二近卫军的古丁师先于普鲁士军队占领了哈森豪森村，达武立刻命令该师以村子为中心，建立防御阵地切断普军的退路。
    意识到普军的退路被断了之后，威廉三世马上要求冯.布吕歇尔将军，带着自己部队的全部骑兵发起进攻，并命令施梅陶师跟进攻击，务必要打通通往弗莱堡的退路。
    普军连续4次攻击都被近卫军击退，而第二近卫军的弗里安特师此时已经赶到了哈森豪森村。达武发觉普军第五次进攻，目标依然是法军的右翼方向，因此他判断出普军撤退的目标是弗莱堡。弗里安特师被达武安排在了哈森豪森右侧及施皮尔贝格之间的地区。
    普军统帅冯.莫伦布尔鉴于法军右翼的坚强，终于改变了进攻方向，命令施梅陶师、瓦莱斯滕本师进攻法军的左翼。但是近卫军强大的火力，牢牢的守住了自己的阵地，施梅陶因为带兵亲自冲锋，被近卫军的猎步兵击中了头部当场战死，进攻的普军因此而失去了指挥，损失惨重。
    当冯.莫伦布尔再次押上了刚刚赶到的阿南吉师的两个旅时，近卫军最后一个师莫南德师也终于赶到了战场，法军的左翼也终于得到了加强，普军再次被击退。
    下午13点，威廉三世孤注一掷的把所有兵力交给了，刚刚赶到的威廉亲王，试图以最后的攻击打开通道，但是依然还是失败了。
    当达武感觉到普军的攻击力度在不断减弱后，他当机立断，命令左右两翼的弗里安特师、莫南德师进入反攻。多次被击退的普军士气已坠，在法军的反击下纷纷溃散。
    当时普军还有两个师的后备队，冯.布吕歇尔和卡尔克罗伊特，都竭力劝说威廉三世，把这两个师拿上来和法军做最后的决战。但是年老而保守的陆军元帅冯.莫伦布尔却认为，现在的状况是，即便是这两个师调上来也未必能打通通道，但是这期间要是再来一只法军的增援部队，普鲁士军队就要全军覆灭了。
    因此元帅建议还是暂时退回魏玛城，命令霍恩洛厄亲王和吕谢尔将军前来会合，然后集中主力突围。和拿破仑不同，威廉三世对军事并不精通，他选择接受了元帅的稳妥建议。
    但是当奥尔施泰特的普军开始撤退时，刚好撞上了从耶拿会战逃亡的普军士兵。更为糟糕的是，他们后面还带着法军的追击骑兵。
    两只失败的部队相遇后，惊慌失措的普军士兵顿时失去了组织，抛弃了一切辎重，向魏玛城逃亡而去了。到了这个时候，威廉三世已经无法再有效的控制自己的军队了。